Η Μύκονος διαθέτει δύο λιμάνια: το παλιό λιμάνι, μόλις 500 μέτρα από το κέντρο της Χώρας και το νέο λιμάνι στην περιοχή του Τούρλου, 3,5 χιλιόμετρα από την πόλη.

Στο παλιό λιμάνι προσεγγίζουν μερικά μικρά ταχύπλοα πλοία της γραμμής, ενώ στο νέο λιμάνι του Τούρλου όλα τα συμβατικά πλοία της ακτοπλοΐας και τα μεγάλα ταχύπλοα καθώς επίσης και τα κρουαζιερόπλοια, καιρού επιτρέποντος. Μερικές φορές τα κρουαζιερόπλοια αγκυροβολούν έξω από το παλιό λιμάνι.

Τους καλοκαιρινούς μήνες η μεταφορά των επιβατών από τα δύο λιμάνια στην πόλη μπορεί να γίνει με το Sea Bus, ενώ πάντα υπάρχει η δυνατότητα μετακίνησης με ταξί. Από το νέο λιμάνι υπάρχει συγκοινωνία με λεωφορεία της γραμμής με στάση στο παλιό λιμάνι και το αεροδρόμιο.